1. В праславянском языке <i> и <y> были самостоятельными фонемами, но уже в ту эпоху возникли предпосылки, которые повлияли на объединение этих двух единиц. Дело в том, что в праславянском языке в какой-то его момент многие гласные оказались невозможными в позиции начала слова, так что перед ними развились протетические звуки, сонаты. (Перед *u:, из которого происходит славянское [у], развился сонант u, позднее изменившийся в w и далее в v. Отсюда, например, слово выдра, восходящее к праславянской огласовке *udra.) Перед гласными *i: и *i, к которым восходят [ь] и [i] соответственно, развился сонант [j]. Так начальное сочетание [jь] впоследствии видоизменилось в [i]: *jьgra – igra. А сочетание [ji] начальный j утратило *jiva – iva. Поэтому звук [i], в отличие от звука [y], в конечном итоге оказался возможным в начале слова.
Таким образом, в позднепраславянском языке фонемы ,<i> и <y> противопоставлялись по всем позициям, кроме начала слова. То есть гласные фонемы противопоставлялись по признаку ряда (передний – непередний); в то время как согласные перед ними (*pilъ - *pylъ) били фонематически идентичными – твердыми. Это положение сохранилось до вторичного смягчения согласных.

2. После вторичного смягчения согласных, но до падения редуцированных наступил промежуточный период в развитии фонологической системы, когда твердость или мягкость согласного оказались взаимообусловленными. Этот период Аванесов назвал «эпохой силлабем». Он писал: «… в слогах типа [ty] - [t’i] нельзя признать [y] и [i] разными фонемами, так как нельзя изолировать их от твердости – мягкости предшествующей согласной, когда к тому же в начале слова произносится только [i]. Но и наоборот, нельзя еще признать разными фонемами твердые или мягкие согласные, так как их нельзя изолировать от качества последующей гласной». Для признания твердости и мягкости согласного фонемообразующей категорией и вмести с тем для признания [i] и [y] разновидностями одной фонемы необходимы следующие условия:
• Возможность взаимного изолирования твердости – мягкости и [i] - [y];
• Наличие полной морфологической эквивалентности [i] - [y] во флексиях;
• Наличие других фонетических чередований между [i] - [y] в одной и той же морфеме.

3. Третий этап в истории функционального объединения [i] - [y] связан с реализацией трех перечисленных условий. Первое условие было осуществлено в результате падения редуцированных, когда твердость и мягкость согласных превратились в самостоятельные, позиционно не обусловленные качества. Второе условие реализовалось в результате морфологического выравнивания парадигм твердого и мягкого склонения. Третье условие реализовалось, когда сложилась ситуация, при которой в соответствии с <i> в начале корня после твердых согласных утвердился звук [y].
Таким образом произошло объединение разных фонем в одну, при этом основным видом фонемы следует считать <i>, так как он выступает в независимой позиции начала слова.

II. И.А. Будуэн де Куртенэ, Л.В. Щерба о фонемах «ы», «и». ЛФШ.
Он первым предложил разграничивать фонетику физиологическую, изучающую конкретные звуки, и функциональную, изучающую более абстрактные звуковые единицы, относящиеся к языковому сознанию носителя языка. И. А. Бодуэн де Куртенэ писал так: «…буквы смешиваются со звуками, графемы с фонемами и их составными элементами; фонационно-аудиционных явления с их постоянными психическими отражениями. Например, в польском языковом мышлении нет никакой психической разницы между фонемой, ассоциирующейся с графемой y и фонемой, ассоциирующейся с графемой i. Вместо двух мнимых фонем, у и i, у нас есть одна единственная — im (i mutabile). Таким образом возникает теория об и – мутабиле.
Но ученик Ивана Александровича Будуэна де Куртенэ Л.В. Щерба, создавший в Ленинградском университете лабораторию эксперементальной фонетики, не поддержал идеи объединения фонем. Щерба и а потом его ученики (М.И. Матусевич, Л.Р. Зиндер, В.Б. Касевич, Л.В. Бондарко, М.В. Гордина, Л.А. Вербицкая), сформировавшие целое научное направление в лингвистике, ( ЛФШ), предполагал признанать /i/ и /ы/ отдельными самостоятельными фонемами. Аргументами в пользу такого решения служат:
• наличие в русском языке случаев употребления /ы/ в позиции начала слова (приводимого Л. В. Щербой со ссылкой на Д. Н. Ушакова глагола ыкать, в случае которого /ы/ может даже дифференцировать слова (икать — ыкать), а также ряда имён собственных: Ытыга, Ыйчжу, Ыныкчанский[) и изолированного употребления /ы/ (название буквы ы);
• отношение носителей русского языка к /ы/ как к самостоятельной единице, выражающееся в названиях («Операция „Ы“ и другие приключения Шурика») и сопротивлении предложению заменить написания Ы после Ц написанием ци
Сторонники ЛФШ отмечают, что /ы/ и /и/ представляют собой разные фонемы, но они могут являться самостоятельной фонемой «не в той же мере», как /a e i o u/. Примечательны слова Щербы по этому поводу: «Само собой разумеется, что абсолютной границы между фонемами и их оттенками нет… На самом деле существуют фонемы более самостоятельные и менее самостоятельные…Безусловно, самостоятельными гласными фонемами являются a, e, i, o, u. Что касается ы, то это в значительной мере менее самостоятельная фонема, находящаяся в интимных отношениях с i, которого она является как бы оттенком».
III. Трубецкой Н.С. (ПЛШ) о статусе фонем «ы», «и».
Трубецкой Н.С., сформировавший Пражский лингвистический кружок, сформулировал правила выделения фонем, которые до сих пор используются во всех фонологических теориях:
1. Если два акустически и артикуляционно сходных звука не встречаются в одной позиции, они являются комбинаторными вариантами одной фонемы и находятся в отношениях дополнительной дистрибуции (и и ы, r-l в корейском)
2. Если два звука встречаются в одной позиции и замещают друг друга, не меняя значения, они являются факультативными вариантами одной фонемы и находятся в отношении свободного варьирования ([жур’и] и [ж’ур’и]).
3. Если два звука встречаются в одной позиции и не могут при этом заменить друг друга, не изменив значения слова, то они относятся к разным фонемам и находятся в отношении фонологического контраста.
При этом фонема может быть реализована разными звуками – например, фонема <и> звуками [и] и [ы]. Это варианты фонем.

IV. МФШ (Р. И. Аванесов, В. Н. Сидоров, А. А. Реформатский. К школе принадлежали также П. С. Кузнецов, М. В. Панов и другие учёные) о статусе фонем «ы», «и».

Поскольку в русском языке, по мнению сторонников МФШ, отсутствуют фонетические положения, в которых встречались бы и звук [и], и [ы], то есть присутствие в некоторой позиции одного из этих звуков исключает возможность присутствия в ней другого, последователями школы делается вывод о том, что [и] и [ы] являются разновидностями одной фонемы: [ы] представляет собой вариацию фонемы <и>, обусловленную положением после твёрдого согласного. Таким образом, в парах, подобных мыл — мил, единственное фонемное различие состоит в мягкости или твёрдости согласного, а не в гласных фонемах.